Mäyräkoira on reipas,toimelias ja ystävällinen, mutta joskus varautunut vieraita ihmisiä kohtaan. Se on usein itsepäinen. Sen metsästysvietti on selvä, ja myös vahtimisvietti on voimakas. Mäyräkoirat ovat tunnettuja suuren koiran luonteestaan. Se ei helpolla luovu saavuttamistaan oikeuksista tulla esim. sohvalle. Monesti se luulee itsestään liikoja.

Vuonna 2008 tehdyn tutkimuksen mukaan mäyräkoira purisi kaikista koirista herkimmin.